Pages

Friday, December 15, 2017

Suggestions for ScholarlyHub


Mock Dashboard of ScholarlyHub.
(I'll assume CC-BY for this image.) 
ScholarlyHub is a open scholar profile project. I have yet no idea where this platform is going, but they planned open source nature makes me want to explore it nevertheless. The project is currently running a crowdfunding campaign and developing their plans. They asked for feedback, so here goes:

Feature requests:
  • researchers care about research, more than profiles: make things from their research ("topics") part of their profile; let them tell everyone what they are interested in
  • the website should have an API (good looks is not enough). Have you done a persona analysis? User friendly is only defined if you have defined your users.
  • make the resource FAIR: use schemas.org or RDFa
  • show innovation into new scholarly activities: provide peer review functionality, etc (similar to Publons, PubPeer, PubMed Commons, etc)
  • support data and software citations
  • use identifiers (DOI, ORCID, project IDs (CORDIS, etc), etc)
  • integration of I4OC
  • freely provide #altmetrics
  • release soon, release often
  • use RSS for any bit of information on the site (one form of API, in fact)
  • integrate my social feeds into my profile (Twitter, blog, LinkedIn, etc)
You can browse my blog for other features I have recommended to websites in the past. You can also check Scholia for ideas.

New paper: "Integration among databases and data sets to support productive nanotechnology: Challenges and recommendations"

Figure 1 from the NanoImpact article. CC-BY.
The U.S.A and European nanosafety communities have a longstanding history of collaboration. On both sides there are working groups, NanoWG and WG-F (previously called WG4) of the NanoSafety Cluster. I have been chair of WG4 for about three years and still active in the group, though in the past half year, without dedicated funding, less active. That is already changing again with the imminent start of the NanoCommons project.

One of these collaborations resulted in a series of papers around data curation (see doi:10.1039/C5NR08944A and doi:10.3762/bjnano.6.189). Part of this effort was also an survey about the state of databases. A good number of databases responded to the call. It turned out non-trivial to analyse the results and write up a report around it with recommendations. The first version was submitted and rejected, and with fresh leadership, the paper underwent a significant restructuring by John Rumble and resubmitted to Elsevier's NanoImpact and now online (doi:10.1016/j.impact.2017.11.002).

The paper outlines an overview of challenges and a recommendation to the community on how to proceed. That is, basically, how should projects like eNanoMapper, caNanoLab, and Nanomaterial Registry evolve to, and what might the European Union Observatory for Nanomaterials (EUON) look like. BTW, a similar paper by Tropsha et al. was recently published the other week with a focus on the USA database ecosystem (doi:10.1038/nnano.2017.233).

Have fun reading it, and if you are working in a related field, please join either of the two aforementioned working groups! And a huge thanks to everyone involved, particular Sandra, John, and Christine.

Saturday, December 09, 2017

inventaire.io: every house a library

Two weeks ago someone made me aware of inventaire.io. This new social profile page allows you to digitize a list of your books. That in itself is already very useful. In the past I have made some efforts to create overviews of the books I own. If only to get some count, with respect to insurance, etc. But a very neat feature is the ability to find other people in your neighborhood with whom you may exchange books: for each book you can indicate who can see you own that book (no one, by default; if not mistaken, inheriting the ugw approach of UNIX), and if others can borrow or buy this book.

This shows users with public profiles in The Netherlands, showing the uptake has not been massive yet, but I'm hoping this post changes that :)


But the killer feature I am waiting for is a map like this, but then for books. Worldcat has a feature where it lists you the nearest library that has a copy of the book you are looking for:


And such a feature (map or list) would be brilliant for inventaire.io: every house would potentially be a library. That idea appeals to me.

Oh, and it's Wikidata-based but that should hardly be a surprise.

Sunday, December 03, 2017

De Nationaal Plan Open Science Estafette: mijn eerste Open Science stappen

Note: For my English-only followers, I will translate this to English later.

openscience.nl
Eerder dit jaar werd er in Delft een meeting voor Nederlandse onderzoekers georganiseerd om te horen over en feedback te geven op het Nationaal Plan Open Science (doi:10.2777/061652). Ik prijs me rijk dat ik hieraan heb kunnen en mogen meedenken, want meer toegankelijkheid tot wetenschappelijke kennis ligt me aan het hart. Tijdens de lunch konden mensen hun Open Science laten zien. Hieruit vloeide het idee voort om een estafette op te zetten om zo veel mogelijk te laten zien hoe veel Open Science er eigenlijk al in Nederland gedaan wordt. Hierbij de start: elke volgende estafetteloper vertelt iets over hun Open Science onderzoek. En of de focus nu op Open Data, Open Access, of op Open Source is maakt niet zo veel uit. Want de diversiteit in het Nederlandse Open Science-gemeenschap is nu eenmaal groot.

Mijn Open Science-verhaal gaat terug naar de tijd dat ik student scheikunde was aan wat nu de Radboud Universiteit heet. Wij kregen daar in 1994 toegang tot het internet, en dit opende voor mij een wereld van Open kennis! Onze bibliotheek was goed gevuld, maar soms moest ik naar afdelingen om daar bepaalde tijdschriften in te kunnen kijken. Altijd ongemakkelijk om een koffiekamer met senior onderzoekers binnen te lopen als student.

Ik leerde HTML en later Java. Java, met hun applets, brachten het internet tot leven. Het kon 3D modellen van chemische structuren laten zien. Dat kan een tijdschrift niet. Twintig jaar later kunnen tijdschriften dat nog steeds niet, maar dat terzijde. In de drie, vier jaren daarna leerde ik drie projecten kennen, elk Open Source: Jmol (nu JSmol), JChemPaint, en het bestandsformaat "Chemical Markup Language" (CML). De eerste was om 3D structuren te laten zien op het internet en het tweede visualiseerde twee-dimensionale (2D) chemische structuren. CML was een formaat waarin ik zowel 2D- en 3D-coördinaten kon opslaan. Maar het ding was dat Jmol en JChemPaint helemaal geen CML konden lezen.

Maar daar kwam Open Science om de hoek kijken. Immers, ik kon van Jmol en JChemPaint de broncode downloaden, aanpassen, en delen met anderen. Ik was overtuigd! En ging aan de slag. Natuurlijk had ik mijn aanpassingen gewoon zelf kunnen gebruiken, maar omdat ik dacht dat het voor andere misschien ook wel bruikbaar zou kunnen zijn, stuurde ik mijn aanpassingen ("patches") naar de auteurs van Jmol en JChemPaint. Dolgelukkig en trots was ik toen de wetenschappers in Duitsland en de Verenigde Staten het in hun versie opnamen!

En het heeft me allemaal geen windeieren gelegd. In mijn laatste jaar van mijn studie heb ik een abstract naar een internationale conferentie ingestuurd. Die werd geaccepteerd en dus moest ik naar de Washington (Georgetown, om precies te zijn), om wat over mijn werk te vertellen. Maar bovendien had ik met de auteurs van Jmol en JChemPaint afgesproken in South Bend, waar we de basis gelegd hebben voor een nieuw Open Science project, de Chemistry Development Kit (CDK). Duur, maar gelukkig kreeg ik een beurs van een Nederlands bedrijf. Een wonderlijke reis was het. In de slaaptrein avondeten met een soldaat die tijdens D-Day in actie is geweest, in New York van de stoep stappen omdat er zware jongens aankomen (die een bekende boys band blijken te zijn), en in het WTC staan (een jaar voor 9/11) en horen hoe toeristen bij de musicalticketverkoop vragen "What is broadway?".

Ik ben trots dat ik aan deze Open Science projecten heb kunnen bijdragen en dat ik medeontwerper ben van de CDK. Door hun Open karakter hebben deze projecten in flinke impact gehad, en na twintig jaar, nog steeds hebben. Natuurlijk, het is niet de functie van een eiwit en metaboliet, maar deze projecten hebben zeker niet alleen mijn onderzoek geholpen. Met dank aan anderen, natuurlijk: Hens Borkent, Dick Wife, Dan Gezelter, Christoph Steinbeck, en Peter Murray-Rust.

Trouwens, over estafettes gesproken, Open Science is op zichzelf ook een estafette: je neemt het stokje over van de mensen voor je, geeft er je eigen draai aan, en geeft daarna het stokje weer door aan de volgende. En het stokje wordt elke dag mooier!

Deze Nationaal Plan Open Science Estafette gaat ook verder. Ik mag mijn stokje doorgeven aan Rosanne Hertzberger. Ik ben superbenieuwd naar haar Open Science verhaal! En natuurlijk van alle lopers die daarna aan de estafette deelnemen!

Sunday, November 26, 2017

Winter solstice challenge: what is your Open Knowledge score?

Source: Wikimedia, CC-BY 2.0.
Hi all, welcome to this winter solstice challenge! Umm, to not give our southern hemisphere colleagues not a disadvantage, as their winter solstice has already passes, you're up for a summer solstice challenge!

Introduction
So, you know ImpactStory and Altmetric.com (if not, browse my blog); these are wonderful tools to see what people are doing with your work. I hope you already know about OpenCitations, a collaboration of publishers, CrossRef, and many others, to make all citation data available. They just passed the 50% milestone, congratulations on that amazing achievement! For the younger scientists it may be worth realizing that for the past 20 years, at least, this data was copyrighted and not to be used unless you paid. Elsevier is, BTW, the major culprit still claiming IP on this, but RT this if you are surprised.

So, the reason I introduce both ImpactStory and OpenCitations is the following. Scientific articles are data and knowledge dense documents. If we did not redirect the reader to other literature. That may give a more complete sketch of the context, describe a measurement protocol, describe how certain knowledge was derived, etc. Therefore, just having your article Open Access is not enough: the articles you cite should be Open Access too. That's the next phase if really making an effort to have all of humanity benefit from the fruits of science.

I know it is hard already to calculate a "Open Access" score, though ImpactStory does a great job at that! So, calculating this for your paper and the papers those papers cite is even harder. You may need to brush up your algorithm and programming skills.

Eligibility
Anyone is allowed to participate. Submission of your entry is done online, e.g. in your blog, in a public write up, or even a open notebook! However, you need at least on citable research object. That is, it needs a DOI. Otherwise, I cannot give you the prize (see below). The score should be based on all your products. Bonus points for those who include software and data citations. Excluding citable object to boost your score (for example, I would have to exclude my book chapters), is seen as cheating the system.

Depth
Your article B may cite three articles (C, D, J) but
article D also cited articles (F, I). So, your
Open Knowledge score is recursive.
Source: Wikipedia, CC-BY-SA 4.0
Calculating your Open Knowledge score can be done at multiple levels. After all, your article depends (cites) articles, and your software depends on libraries, but those cited articles and software dependencies recursively also cite articles and/or software. The complexity is non-trivial, making it a perfect solstice challenge indeed!

Prizes
The prize I have to offer is my continued commitment to Open Science, but that you already get for free and may not be enough boon. So, instead, soon after the winter/summer solstice at the end of this year, I will blog about your research boosting your #altmetrics scores. Yes, I will actually read and try to understand it!

And because there is the results and the method, neither of which exist yet, there are two categories! I just doubled your chance of winning! That's because humanity is worth it! One prize for the best tool to calculated your Open Knowledge score, and one prize for the researcher with the highest score.

Audience Prize
If someone feels a need to organize an audience prize, this is very much encouraged! (Assuming Open approaches, of course :)